Le laboratoire a pour mission de faire le contrôle de la qualité microbiologique des produits alimentaires dans le but de la protection des consommateurs. En faisant des analyses microbiologiques, on vérifie la conformité de la qualité des aliments par rapport aux critères d’acceptabilité (normes alimentaires de qualité), en vigueur au Burundi ou à l’East African Community. Les analyses portent sur l’identification et le dénombrement des microorganismes pathogènes présentant un risque pour la santé du consommateur ainsi que les microorganismes d’altération ayant une influence sur la durée de conservation d’un aliment.